L'occupation du sol modélise comment le sol est recouvert d'un point de vue "physionomique" notamment. Elle décrit les matériaux ou les végétaux perçus et lus directement sur l’orthophotographie. La nomenclature du couvert du sol (CS) est décomposée en trois niveaux hiérarchiques dont le niveau le plus simple contient 6 classes1 : Surfaces revêtues ou stabilisées, sols nus, surfaces en eau, formations arborescentes, formations arbustives et sous-arbrisseaux, formations herbacées ou basses.
Le seconde dimension de cette occupation des sols repose sur une description de l'usage des sols (US). L’usage du sol (ou la fonction) est une vue « anthropique » du territoire. Celui-ci est donc partitionné en fonction du rôle principal qui peut être attribué à un espace donné, notamment en termes d’activité humaine.
Le type de couvert, ainsi que son état de conservation, influencent directement les capacités des milieux à rendre correctement des services écosystémiques.

Les indicateurs de biodiversité sont les principaux outils d’analyse des observatoires. Ils s’appuient sur des jeux de données éprouvées et des méthodes de calcul robustes afin d’évaluer des tendances.

L’observatoire régional de la biodiversité des Hauts-de-France publie une collection de fiches méthodes afin de partager son expérience en matière de calcul d’indicateur. Faisant appel à une gamme d’outils spécialisés (base de données, système d’information géographique, etc.), ces fiches s’adressent aux techniciens ou chargés de missions Environnement / Développement durable / Biodiversité afin qu’ils puissent décliner une suite d’indicateurs à l’échelle de leur territoire. Les fiches précisent quelles données sont les plus pertinentes à exploiter, où les trouver, quels logiciels utiliser ou les méthodes de calcul scientifiquement validées.