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Un indicateur est un outil d’évaluation d’une situation ou d’une évolution, à un instant donné, de façon objective et synthétique.

Les indicateurs de l'Observatoire répondent au modèle "État-Pression-Réponse", basé sur la notion de causalité entre l'homme, ses activités et son environnement.

• Indicateurs d'état : ils regroupent à peu près tous les thèmes naturalistes : la flore vasculaire terrestre, les mammifères, les reptiles, les oiseaux, les insectes, les mollusques, les poissons, les champignons, etc. Ils visent à évaluer la qualité et la quantité de la diversité biologique. Ex : nombre d'espèces indigènes, évolution des populations.
• Indicateurs de pression : ils visent à identifier les causes d'altération écologique liées aux activités humaine. Ex : taux d'artificialisation, surfaces urbanisées par an en région.
• Indicateurs de réponse : ils visent à évaluer l'avancement et les effets des mesures prises en faveur de la préservation de la biodiversité. Ex : cela peut par exemple être des réponses d'ordre financier comme les montants consentis par la Région ou les Conseils généraux pour la préservation de la biodiversité.

Certains indicateurs sont à la fois des indicateurs d'état et de pression : par exemple, la montée du niveau des mers est un indicateur d'état susceptible d'entraîner un certain nombre de pressions sur le patrimoine naturel. C'est donc aussi un indicateur de pression.

Ces indicateurs peuvent couvrir des thèmes très restreints, ou au contraire larges et transversaux. Ils peuvent par exemple être une déclinaison territoriale de ceux de l’Observatoire National de la Biodiversité ou relever de problématiques plus locales.

Suivant les besoins de l’indicateur et la disponibilité des données, celui-ci sera mis à jour régulièrement : annuellement, tous les 2 ans, tous les 5 ans, etc.…